近日，中科院合肥研究院健康所谷红仓三代纳米孔测序团队与合肥肿瘤医院王宏志团队、医学病理中心邓庆梅团队合作，在纳米孔的宏基因组测序技术用于疑似感染的免疫功能低下癌症患者病原体的准确快速诊断研究中取得新进展。该成果在线发表在国际知名期刊 Frontiers in Cellular and Infection Microbiology 上。
癌症患者感染和感染相关死亡的风险很高，因此，及时诊断和精准抗感染治疗至关重要。本研究旨在评估纳米孔扩增测序技术在识别免疫功能低下的癌症患者微生物感染方面的性能。这项前瞻性研究招募了 56 名疑似感染的免疫功能低下的癌症患者，采集他们的痰液、血液等体液样本，通过纳米孔扩增测序技术检测潜在微生物病原体，并和传统的培养方法结果相比较。与传统培养方法相比，纳米孔测序能够更敏感的检测肿瘤伴随细菌感染（P<0.001），苛养菌感染（P=0.006）和合并感染（P<0.001）；平均周转时间缩短约17.5小时。
该研究表明纳米孔扩增测序作为一种快速而精确的方法，可以用于疑似感染的免疫功能低下的癌症患者的病原体检测，这种新颖且高灵敏度的方法将通过促进感染的及时诊断和精确的抗感染治疗来改善免疫功能低下的癌症患者的预后。
文章链接：https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fcimb.2022.943859/full
图1：两种方法在检测免疫功能低下癌症患者体液样本中病原体的性能比较
（A.按病原体类型比较这两种方法检测病原体的性能；B.按样本类型比较这两种方法检测病原体的性能）
图2：纳米孔扩增测序法检测体液中大肠埃希菌和白色念珠菌的检出限分析